O chamado Ensino Fundamental II destina-se à formação de um cidadão crítico, solidário, tolerante, autônomo e participativo, capaz de atuar com competência, dignidade e responsabilidade na sociedade em que vive. Com duração de nove anos, o Ensino Fundamental está voltado para a inserção do educando na vida da sociedade cristã e democrática, por meio da construção de conhecimentos, desenvolvimento de valores e competências.
As aulas são ministradas em espaços diferenciados: Salas de aulas climatizadas, Sala de Matemática, Biblioteca, Sala de Multimeios, Sala de Arte, Laboratórios de Informática (IPad), de Ciências, Quadra Poliesportiva coberta, Pátios cobertos.

O trabalho desenvolvido pelo Colégio Nossa Senhora da Misericórdia nas turmas (6° ao 9° ano) está apoiado nos valores Rossellianos: alegria, acolhimento, respeito, solidariedade e compromisso. Traços fundamentais da misericórdia ensinada no carisma de Madre Rossello, que são de essencial valor nesta etapa da vida.

Acreditando na concepção do ser humano completo, o Colégio organiza sua prática pedagógica voltada para um ensino de qualidade e, ao mesmo tempo, contribuindo na formação de pessoas com valores éticos, religiosos e morais que venham interferir positivamente na sociedade.

Nesta idade, o adolescente busca suas verdades questionando e desafiando os padrões socialmente estabelecidos; mas, é essa atitude que vai prepará-lo para a aquisição de valores futuros. A convivência em grupo é fundamental para que ele possa ampliar e definir seus limites, adquirir hábitos e conceitos que irão nortear sua vida adulta.

Profissionais altamente qualificados, recursos didáticos modernos, espaço físico privilegiado e contato com a natureza, fazem com que o educando cresça em ambiente seguro e agradável cercado de pessoas e ações que serão referenciais importantes no seu desenvolvimento. O Colégio Nossa Senhora da Misericórdia trabalha em parceria com a família tornando-se uma presença importante num momento tão especial como a adolescência.