O Ensino Médio é a última etapa da educação básica, e tem como finalidade a consolidação e o aprofundamento dos conhecimentos construídos, assim como preparação e orientações básicas para o mundo do trabalho. Nesta etapa, o conhecimento escolar continua sendo contextualizado e interdisciplinar, incentivando cada vez mais ao aluno Rosselliano a desenvolver seu raciocínio e sua capacidade de aprender. Para isso, novas abordagens e tecnologias são utilizadas por profissionais qualificados e empenhados no aperfeiçoamento de suas práticas educativas.
Desenvolve-se a autonomia intelectual e o pensamento crítico, aprimorando o jovem como pessoa humana, na construção de sua formação ética e espiritual, acompanhada de alegria, acolhimento, respeito, solidariedade e compromisso, traços fundamentais da misericórdia pautada e vivenciada no carisma de Madre Rossello.
As aulas são ministradas em espaços diferenciados: salas de aula climatizadas e equipadas com Quadro Interativo, Biblioteca, Sala de Multimeios, Sala de Arte, Laboratório de Informática/ IPad, Quadra Esportiva coberta , Laboratórios de Ciências e Pátios cobertos.

O Colégio Nossa Senhora da Misericórdia busca no seu fazer pedagógico do Ensino Médio uma transição segura e eficiente da heteronomia da infância à autonomia do mundo adulto. Nesse percurso, nossos alunos Rossellianos são incentivados a serem especialistas em suas próprias ideias, criando, inovando, propondo soluções, argumentando e contra-argumentando. Enfim, assumindo sua condição de autores, tirando-os da passividade para exercer o protagonismo juvenil construtivo, de maior importância. Mais do que simplesmente formar para o trabalho, o Colégio forma para a cidadania.

Portanto, a identidade do nosso ensino está pedagogicamente construída com base em um currículo diversificado e flexível à incorporação das necessidades locais e atuais de seu corpo discente, na configuração do que é realmente adequado para sua realidade.
Visamos uma formação humana integral e harmônica, contemplada nos aspectos cognitivos, sociais, afetivos e espirituais pautados no carisma de Madre Rossello e de Nossa Senhora da Misericórdia.